Bicampeão da Copa do Brasil, em 2015 e 2016, o São Paulo conheceu seu adversário para a competição Sub-20 2018, o Brasil de Pelotas. O torneio terá início em março, com o Tricolor estreando no Rio Grande do Sul, podendo ser nos dias 27, 28 ou 29 de março, de acordo com a escolha da CBF e das televisões detentora dos direitos de transmissão.
Serão 32 equipes júnior, que se enfrentarão na primeira rodada na casa do time pior ranqueado na Confederação. Em caso de vitória por dois gols ou mais do visitante, a partida de volta é eliminada.
Caso o Tricolor não elimine o jogo de volta, segundo a tabela base, o jogo acontece em São Paulo entre 4 e 6 de maio, em Cotia ou no Morumbi, dependendo do horário da partida. Classificando, o torneio inicia a fase de oitavas de final, com jogos de ida e volta.
Quartas, semifinal e final terão sorteio de mando de campo realizado pela CBF, de forma pública. Desde que chegou no São Paulo, em fevereiro de 2015, André Jardine comandou a equipe nesta competição por três vezes, vencendo duas edições, em 2015 e 2016. Em 2017, o campeão foi o Atlético/MG, com o Tricolor caindo nas oitavas, diante do Vasco.