Pela segunda fase da Copinha, o São Paulo encarou a Chapecoense em Capivari. Domo da melhor campanha entre os 120 times da primeira fase, o Tricolor mandou no jogo, só sendo incomodado em alguns contra-ataques. Mesmo com as melhores chances e dominante no ataque na partida, o time não conseguiu marcar no tempo regulamentar e acabou derrotado nos pênaltis: 2×4, resultado que tirou da equipe a chance de lutar pelo quarto título do maior torneio de base do Brasil.
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O desfalque do Tricolor nesse confronto foi o técnico André Jardine que, expulso diante do Capivariano, teve que ficar fora do jogo. Quem comandou a equipe foi o preparador físico Kako Perez. Jardine, porém, armou o São Paulo, e usou as mesmas peças da estreia no campeonato, mudando apenas uma posição em relação ao jogo contra o Genus: Léo Natel entrou no ataque no lugar de Matheus Lu.
Na primeira grande chegada do São Paulo, Vinicius, de fora da área, finalizou rasteiro, mas o goleiro conseguiu parar o lance. Logo depois, o volante apareceu de surpresa na área e finalizou o cruzamento da direita, porém, por cima do gol. Outra boa chegada tricolor foi aos 11, com Frizzo. O camisa 10 chutou, mas acabou prensado pelo zagueiro e a bola parou no goleiro.
Mas a grande chance do primeiro tempo foi aos 16 minutos. Léo Natel cobrou falta da esquerda e Militão cabeceou muito bem, obrigando o goleiro a fazer milagre! A tendência da etapa inicial foi de apenas um time, o São Paulo, atacando, e os são-paulinos chegaram várias vezes ao gol. Foram faltas, jogadas na área, chutes de longe, mas a bola não entrou, apesar da insistência tricolor.
No intervalo, primeira mudança no Tricolor: entrou Gabriel Novaes, saiu Heron. Depois de tomar alguns sustos em contra-ataques do rival, o time reagiu. Léo Natel, com uma bomba de fora da área, assustou o goleiro, que conseguiu segurar. Logo em seguida, em cobrança de escanteio, Rony cabeceou, a bola quicou e subiu, raspando o travessão. Mal dava para respirar e veio outra grande chance. Neves fez a jogada pela direita, levou para o meio e chutou, o goleiro espalmou.
Para dar ainda mais força ao ataque, duas mudanças no Tricolor. Geovane e Paulo Bóia entraram nos lugares de Vinicius e Léo Natel. O jogo seguiu muito disputado, com o adversário tentando os contra-ataques e os são-paulinos buscando o gol. Aos 43 minutos, Rainer recebeu o segundo cartão amarelo e foi expulso, deixando o São Paulo com um jogador a mais. Mas os tricolores não conseguiram aproveitar a vantagem numérica, e a partida acabou indo para os pênaltis.
Nas cobranças, o Tricolor perdeu o primeiro pênalti, com Militão, e o terceiro, com Geovane. Paulo Bóia converteu e Lucas Paes pegou a quarta cobrança do rival. Liziero converteu a quarta cobrançå são-paulina, mas com 4×2 contra no placar o São Paulo se despediu da Copinha 2017.