O São Paulo disputou 67 partidas ao longo de 2009. Foram 38 jogos no Campeonato Brasileiro, 21 no Campeonato Paulista e oito na Copa Libertadores da América.

Ao final da temporada, o jogador que mais entrou em campo com a camisa do clube foi o meio-campista Hernanes. Ele participou de 58 partidas ou 86% dos jogos do Tricolor.

No Paulista, o camisa 10 ficou de fora das partidas contra Ponte Preta e São Caetano para cumprir suspensão pelo terceiro amarelo. Ainda no estadual, desfalcou o time em mais um jogo, contra o Mogi Mirim. Na ocasião, foi poupado junto com outros cinco jogadores por opção da comissão técnica, que estava preocupada com uma boa preparação do time para a Copa Libertadores.

Na competição Sul-Americana, Hernanes não atuou apenas no duelo contra o Independiente Medellin, na Colômbia, quando seis jogadores foram poupados por conta da classificação antecipada da equipe para as oitavas-de-final.

No Campeonato Brasileiro, não atuou pela primeira vez no clássico contra o Corinthians, quando o time foi comandado pelo auxiliar técnico Milton Cruz. Neste duelo o meio-campista ficou como opção no banco.

Contra o Atlético Paranaense, no segundo jogo do returno, ficou de fora para cumprir suspensão pelo terceiro amarelo. Além disso, desfalcou o São Paulo contra Cruzeiro, Avaí e Santo André, por ter sido submetido a uma artroscopia no joelho direito.

O volante Jean, o meio-campista Jorge Wagner e o atacante Washington dividem o segundo lugar no posto de maior participação. Os três atuaram em 57 jogos nesta temporada. O clube utilizou 29 jogadores diferentes ao longo deste ano.